三焦是上焦、中焦、下焦的合称，为六腑之一。由于三焦的某些具体概念不够明确，《难经》在《二十五难》和《三十八难》中又提出“有名而无形”之说，因而引起了后世的争论，但对三焦的生理功能的认识是一致的，认为三焦的主要生理功能是主持诸气、通行水道。在形态方面，目前部分学者认为三焦是分布于胸腹腔的一个大腑，在人体脏腑中，唯它*大，故有 “孤府”之称。正如张介宾《类经·藏象类》中所指出的，三焦是“脏腑之外，躯体之内，包罗诸脏，一腔之大府也。”但更重要的并不在于确定三焦是属于哪个实质性脏器，而是在于研究和掌握三焦在生理、病理学上的实际意义。
    三焦的主要生理功能，一是通行元气，二为水液运行之道路。
    1 主持诸气，总司全身的气机和气化  三焦是气的升降出入的通道，又是气化的场所，故有主持诸气，总司全身气机和气化的功能。元气，是人体*根本的气。元气根于肾，通过三焦而充沛于全身，故《难经·三十一难》说：“三焦者，气之所终始也”，《难经·三十八难》说三焦“有原气之别焉，主持诸气”；《难经·六十六难》也说：“三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历五脏六腑”(这里所说的“三气”，是指宗气、营气和卫气)。这些论述，充分说明了三焦是气的升降出入的通道，人体的气，是通过三焦而输布到五脏六腑：充沛于全身的。《中藏经》将三焦通行原气的作用，作了较详尽的描述，它在《论三焦虚实寒热生死顺逆脉证之法》中认为三焦“总领五脏六腑、营卫经络、内外左右上下之气也；三焦通，则内外左右上下皆通也，其于周身灌体，和内调外，荣左养右，导上宣下，莫大于此者也”。
    2 为水液运行之道路  《素问。灵兰秘典论》说：“三焦者，决渎之官，水道出焉。”决，疏通之意，渎，沟渠。决渎，即疏通水道。也就是说，三焦有疏通水道，运行水液的作用，是水液升降出入的通路。全身的水液代谢，是由肺、脾胃和肠、肾和膀胱等许多脏腑的协同作用而完成的，但必须以三焦为通道，才能正常地升降出入。如果三焦的水道不够通利，则肺、脾、肾等输布调节水液的功能也难以实现其应有的生理效应。所以，又把水液代谢的协调平衡作用，称作“三焦气化”。
    三焦的上述两个方面的功能，是相互关联的。这是由于水液的运行全赖于气的升降出入；人体的气是依附于血、津液而存在的。因此，气的升降出入的通道，必然是血或津液的通道；津液升降出入的通道，必然是气的通道。实际上是一个功能的两个方面作用而己。
    3 上焦、中焦、下焦的部位划分及其各自的生理功能特点
    (1)上焦 上焦的部位，一般都根据《灵枢·营卫生会》的论述：“上焦出于胃上口，并咽以上，贯隔而布胸中”，将横膈以上的胸部，包括心、肺两脏和头面部，称作上焦；也有人将上肢归属于上焦。上焦的生理功能特点，也根据《灵枢·决气》的论述，以“开发”、“宣化”和“若雾露之溉”为其主要生理功能。也就是说，上焦是主气的升发和宣散，但它不是有升无降，而是“升已而降”，故说“若雾露之溉”，《灵枢·营卫生会》也因此而概括为“上焦如雾”。《温病条辨》中提出“治上焦如羽，非轻不举”的治疗原则，也是以此为其主要的理论依据。
    (2)中焦 中焦的部位，是指膈以下，脐以上的上腹部。但在《灵枢·营卫生会》中是指整个胃，即是从胃的上口(贲门)至胃的下口(幽门)。对于中焦的生理功能特点，实际上包括脾和胃的整个运化功能，故说中焦是“泌糟粕，蒸津液”，升降之枢，气血生化之源。《灵枢· 营卫生会》概括为“中焦如沤”和《温病条辨》提出的“治中焦如衡，非平不安”的治疗原则，都是以中焦是“升降之枢”为其主要的理论依据。
    中焦所属的脏腑，从解剖部位来说，包括脾、胃、肝、胆，在《内经》中虽未具体指明，但在《内经》的脉法和晋·王叔和的《脉经》中，均以肝应左关，而属于中焦。至后世温病学说以 “三焦”作为辨证纲领后，将外感热病后期出现的一系列肝的病证，列入“下焦”的范围后，现在临床辨证中，仍多从之。
    (3)下焦 下焦的部位，一般也根据《灵枢·营卫生会》之说，将胃以下的部位和脏器，如小肠、大肠、肾和膀胱等，均属于下焦。下焦的生理功能特点，在《内经》中说它是排泄糟粕和尿液，如《灵枢·营卫生会》概括为“下焦如渎”，但后世对藏象学说有了发展，将肝肾精血、命门原气等都归属于下焦，因而扩大了下焦的生理功能特点。《温病条辨》提出“治下焦如权，非重不沉”，实际上也包涵着这一个概念在内。